Introducción a la bioinformática

El curso presente ser una introducción a los aspectos claves de la bioinformática, especialmente a los relacionados con el análisis de secuencias. Los temas principales son:

• búsqueda en bases de datos (ej. Entrez),

• alineamientos de secuencias

• alineamientos múltiples,

• secuenciación de Sanger,

• formatos de ficheros de secuencia,

• proyectos de secuenciación con Staden,

• predicción de la estructura génica,

• anotación,

• filogenia,

Las lecciones pretenden ser eminentemente prácticas, con una breve introducción teórica inicial. Sobre cada tema se propondrán varios ejercicios de complejidad creciente. Todo el software utilizado será libre y podrá descargarse gratuitamente en la web.

Profesores: Joaquín Cañizares Sales, Jose Blanca, Peio Ziarsolo

Temas

• Bases de datos biológicas
• Práctica bases de datos
• Alineamientos de secuencias
• Práctica jemboss
• Práctica de alineamientos
• Búsqueda de secuencias en bases de datos
• Práctica Blast
• Métodos predictivos en ADN y ARN
• Práctica predicción
• Alineamientos múltiples
• Práctica alineamiento múltiple
• Introducción al análisis de filogenias
• Práctica análisis de filogenias
• Práctica anotación con Blast2GO
• Prácticas bases de datos genómicas
• Ejercicio anotación
• Ejercicio prediccion 2
• Secuenciación de Sanger
• Ensamblaje de secuencias
• Práctica ensamblaje de secuencias