Bioinformatics at COMAV

Jemboss

Jemboss en un interfaz grafico del excelente paquete de programas emboss.

La versión para windows se puede descargar aquí.

Vamos a realizar los ejercicios en el jemboss que hemos instalado, pero tambien el emboss esta disponible on line:

http://emboss.bioinformatics.nl

http://cys.genomics.purdue.edu/emboss/

Existe un tutorial del emboss.

OBTENER AYUDA SOBRE UN COMANDO

Programa tfm.

$ tfm -help
$ tfm -help -verbose

CAMBIAR EL FORMATO DE UNA SECUENCIA

Programa: seqret

Descargarse el siguiente fichero AB012236.gb En Browse files seleccionamos el fichero que está en formato GENBANK y ahora la cambiaremos de formato.

En ouptut sequence options podemos elegir el formato final.

En input sequence options podemos elegir un fragmento de la secuencia o hacer reverso y complementario.

OBTENER UNA REPRESENTACION DE LAS CARACTERISTICAS DE UNA SECUENCIA

Programa: showfeat

Cargar la secuencia en formato GENBANK que hemos descargado.

BUSQUEDA ORF

Programa: plotorf, getorf y transeq

Secuencias ejemplo: AT3G4905.cdna.fasta

MAPA DE RESTRICCION

Programa: remap

Secuencias ejemplo: AT3G4905.genomico.fasta

ESTADISTICA PROPIEDADES AA

Programa: pepinfo

Secuencia de ejemplo: AT3G4905.pep.fasta

PREDICCION DE ELEMENTOS TRANSMEMBRANA

Programa: tmap

Secuencia de ejemplo: AT3G4905.pep.fasta

| | index