Jemboss¶
Jemboss en un interfaz grafico del excelente paquete de programas emboss.
La versión para windows se puede descargar aquí.
Vamos a realizar los ejercicios en el jemboss que hemos instalado, pero tambien el emboss esta disponible on line:
http://emboss.bioinformatics.nl
http://cys.genomics.purdue.edu/emboss/
Existe un tutorial del emboss.
OBTENER AYUDA SOBRE UN COMANDO¶
Programa tfm.
$ tfm -help
$ tfm -help -verbose
CAMBIAR EL FORMATO DE UNA SECUENCIA¶
Programa: seqret
Descargarse el siguiente fichero AB012236.gb
En Browse files seleccionamos el fichero que está en formato GENBANK y ahora la cambiaremos de formato.
En ouptut sequence options podemos elegir el formato final.
En input sequence options podemos elegir un fragmento de la secuencia o hacer reverso y complementario.
OBTENER UNA REPRESENTACION DE LAS CARACTERISTICAS DE UNA SECUENCIA¶
Programa: showfeat
Cargar la secuencia en formato GENBANK que hemos descargado.
BUSQUEDA ORF¶
Programa: plotorf, getorf y transeq
Secuencias ejemplo: AT3G4905.cdna.fasta
MAPA DE RESTRICCION¶
Programa: remap
Secuencias ejemplo: AT3G4905.genomico.fasta
ESTADISTICA PROPIEDADES AA¶
Programa: pepinfo
Secuencia de ejemplo: AT3G4905.pep.fasta
PREDICCION DE ELEMENTOS TRANSMEMBRANA¶
Programa: tmap
Secuencia de ejemplo: AT3G4905.pep.fasta