Bioinformatics at COMAV

PRÁCTICA DE PROYECTOS DE SECUENCIACIÓN.

Documentación sobre el Staden

Los desarrolladores del proyecto Staden mantienen en su página web una excelente y extensa documentacion.

Adicionalmente Simon Andrews creó un curso con ejercicios.

Análisis de cromatogramas automático

El pregap4 puede analizar automáticamente la calidad y otros aspectos de los cromatogramas.

Reanalizar con el PreGap los siguientes cromatogramas.

Con el Trev abrir los ficheros analizados (.exp) y comparar los analisis manuales con el realizado por el pregap4.

Costrucción de un proyecto de secuenciacion

Ahora vamos a realizar un proyecto de secuenciación a partir de varias secuenciación a partir de varias secuencias.

Descargar los cromatogramas del fichero cromprimido secuencias1.zip.

Preanalizar las secuencias con el PreGap y utilizar los ficheros producidos para crear el proyecto con el Gap4.

¿Cuantas secuencias se han introducido en la base de datos?

¿Cuantos contigs se han producido?. ¿De cuantas secuencias?

Ejecutar el editor de contigs y comprobar el contig producido, comprobar las incongruencias en las secuencias viendo los cromatogramas.

Practicar con las diferentes opciones y análisis del programa Gap4

Salvar los consensos en ficheros separados y en un único fichero

Proyecto de secuenciación de ESTs

Ahora vamos a realizar un proyecto de secuenciación a partir de lecturas de ESTs. Descargar el fichero comprimido secuencias2.zip.

Una vez hayais obtenido los contigs con el Gap4:

  • Comprobar el número de contigs obtenido.
  • El número de secuencias por contigs
  • Buscar regiones similares en el interior del contig utilizando el análisis de Internal Join del Gap4.
  • ¿Que sucede?.

Editar alguna de los regiones encontradas.

¿Por qué el Gap4 no junta esos contigs?.

Repetir todo el análisis pero ahora incluyendo las opciones de búsqueda de adaptadores y vector del PreGap4. El fichero con el sitio de clonación para la opción cloning site en el módulo Sequencing Vector clip del pregap4 se llama sition_clonacion.txt. La secuencia completa del vector se llama vector.fasta y debe ir en la opción Cloning Vector del módulo Coning Vector Clip.

¿Cuantos contigs aparecen ahora?.

Comprueba si existen regiones similares internas y justifica su existencia

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