Bioinformatics at COMAV

PRÁCTICA DE ALINEAMIENTOS MÚLTIPLES

Vamos a utilizar la versión gráfica del Clustal en windows (Clustalx), en esta guía también se incluyen los comandos utilizados si se trabaja con la versión texto (ClustalW) en Linux.

Guardar el fichero frataxin_mamiferos.fasta

Vamos a analizar varias proteínas homólogas a la frataxina humana, proteína implicada en la enfermedad ataxia de Friedreich. Podemos encontrar servidores online y la documentación del programa en la pagina web del Clustal.

Alineamiento con ClustalX

Ejecutar el progama: clustalx

Ver las opciones que nos permite modificar.

Cargar el fichero frataxin_mamiferos.fasta.

Realizar el alineamiento con las opciones por defecto. Ver los resultados.

¿Qué problema hay?.

Modificar la penalización por inicio de gap y por extension. ¿Qué sucede? Ojo, Guardar el resultado con otro nombre para no sobreescribir el fichero anterior.

¿Qué sucedería si eliminamos las tres secuencias mas diferentes?

Descargar el fichero frataxin_mamiferos_cercanos.fasta.

Realizar el alineamiento y compararlo con el anterior.

Alineamiento con secuencias mas divergentes

Descargar el fichero frataxin_prot.fasta.

Realizar el alineamiento con el programa clustalx.

Comparar con el alineamiento de mamifero.

Comparación con el dominio de la frataxin

Conectarse a la base de datos de dominios de la NCBI en al entrada de la frataxina.

Entrar en la información del dominio. Visualizar el alineamiento.

¿Se parece a nuestro último alineamiento?.

Alineamiento de secuencias de ADN

El Clustal también nos permite alinear secuencias de ADN, lo cual es útil tanto para detección de SNPs o mutaciones y estudios filogenéticos. En este ejercicio vamos a buscar SNPs en del gen CT099 de Lycopersicon pimpinellifolium, para ello vamos a utilizar las secuencias de varios individuos de esta especie. Alinear las secuencias del fichero seq_dna.fasta e identificar los cambios presentes en las secuencias.

Edición de alineamientos múltiples.

Abrir alguno de los alineamientos realizados con Bioedit y practicar con las diferentes formas de edición y modificación del alineamiento.

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